1、第二十二条第一款建议改为“……禁止新建、改建、扩建与供水和水源保护无关的建设项目……”，第二款建议改为“……禁止新建、改建、扩建排放污染物的建设项目……”，与《中华人民共和国水污染防治法》的规定保持一致；

2、第三十八条第一款最后一句建议改为“依照中华人民共和国水污染防治法的规定予以处理”；

3、第三十九条第一款和第二款的“环境影响评价报告书”建议均改为“环境影响评价文件”，环境影响评价文件包括环境影响评价报告书、报告表和登记表；

4、第四十条第一款建议删除“悬挂标注单位名称和排放污染物种类、浓度及数量要求等内容的标志牌”，环保部对排污口的设置和标志牌有规范化的管理规定，按其规定执行即可。且对于没有实行总量控制单位，标志牌上无法表明污染物数量；

5、第三十五条规定禁止在太湖流域设立的小型印染等落后产能企业，第七十九条法律责任中规定违反该规定的，由环保部门责令限期改正，采取补救措施，对于禁止设立的企业不存在“限期改正和采取补救措施”的问题，应由当地政府关停，建议第七十九条改为“违反本条例第三十五条第一款规定的，由当地县级以上人民政府予以关停”；

6、第三十七条规定禁止在太湖流域生态保护带内从事设置排污口等行为，法律责任第八十条规定违反该规定的，由环保部门责令限期改正，采取补救措施，对于禁止设置的设施，不存在“限期改正和采取补救措施”的问题，建议第三十七条第二款改为“违反前款规定设施的设施，由当地县级人民政府组织关闭或者拆除”，同时删除第八十条的内容；

7、第六十一条第二款规定由环保部门对城镇污水集中处理单位处理的污水水质、水量达标情况进行监测，建议对监测因子予以明确，是否仅指第三十一条规定的实行总量控制的四类重点水污染物。