为改变这一现象，卫生部也出台了许多措施，但事实证明，“回扣”顽疾仅靠药品、耗材的招标，或是虎头蛇尾的反商业贿赂，是不能解决的，这一点已经由越演越烈的回扣风所证实，这需要有一整套行之有效的综合性措施。

1、在法纪层面，要持续有效地开展反商业贿赂行动。现在的大环境是不拿回扣者在科室、在医院就会成为“另类”，因此，只要有人送，谁都敢拿。这种现象的存在，一是长期以来对药品回扣的默认；二是一直以来由于只惩受贿者，宽待行贿者，而使行贿者无所顾忌。因此，有必要严格按刑法的规定，对受贿者、行贿者均应依法处理。只有严惩行贿者，才能从源头减少回扣的可能。

2、在技术层面，卫生部近年来采取了不少措施，包括制订诊疗规范、临床路径等，但有一项措施公布了却没有得到落实。即在卫生部的《处方管理办法》（卫生部53号令）中第十五条规定“医疗机构应当根据本机构性质、功能、任务，制定药品处方集”。但是，时至今日，在该令颁发三年多来，却没有一家医院制订了本院的药品处方集。为此，有必要强化该令的执行力，细化53号令的相关细则。同时要责成各级卫生行政部门，限期在各级医疗机构组建世界卫生组织推荐的医院药事与治疗委员会，负责制订和不断完善医院的药品处方集，以减少医生处方的随意裁量权，并配以主要药物以通用名处方等措施，来遏制药商统方的途径，从技术上减少回扣的可行性。

3、在财政投入层面，要把政府补助与医药费用控制挂钩。政府的补助，要与大型设备检查的阳性率、基本药物的使用率、病床周转次数、门诊患者均次药品费用、住院床日均次药品费用、医院业务收入增长水平（确切地说，在控制的前几年，医院的业务收入应该是下降的）等指标挂钩，督促医院加强内部管理，有效遏制回扣对医疗费用增长的负面效应。

4、在分配层面，要严格工资总额管理。医改意见明确了要“严格工资总额管理，实行以服务质量及岗位工作量为主的综合绩效考核和岗位绩效工资制度”。但直至今日，对这一举措尚无可操作的办法，也没有实施的日程表。而分配制度对医院提高效率、改变医生行为具有重要意义。为此，要制订科学的工资总额核定方法，要根据医院医疗服务的难易程度、与医院服务、规模等相适宜的技术力量层次结构、人均承担的工作量、医疗服务机构与其它事业单位在薪酬收入方面的行业系数等因素，测算出每一医疗机构的年度基准工资总额，并在考核的基础上，确定年度实际工资总额。医疗机构只能在这一工资总额范围内发放员工各种薪酬，并在内部拉开分配差距。分配制度的改革，将使医院的可分配总额与业务收入无关，使医务人员在多劳多得的前提下，在工资总额范围内获得自己应得的份额，从而调动医务人员的工作积极性。

5、在补偿层面，要多渠道足额补偿医疗机构。在遏制回扣、控制费用的情况下，医院的收入不可避免地会减少，甚至会影响到医务人员的正常收入，这就需要给予医疗机构足额的补偿，医改的各项举措才能可持续地开展下去。医院的补偿不能单靠财政，而要财政、医保、药品、耗材差价、医疗收费等多渠道同时进行。医保要根据医院实际降低的费用（无论是病种费用的降低，还是总体费用的降低），将医保从中获益的一部分用于对医院的补偿，使医院减少业务收入但不减少实际收益；要在药品、耗材等招标的前提下，允许医院与供应商进行二次谈判。根据医院付款方式与期限、采购量多少的确认、售后服务的相应条款等因素，确定供应商对医院的实际供货价。而医院对患者的销售价，则按政府指导价实施。这样做的目的，一是使医院在不高于政府指导价（即不增加患者与医保负担）的前提下获得一条补偿途径；二是通过医院的利益导向，将原来给医生的回扣，部分转归为医院的收入。而医疗服务收费的调整，则要走医院与基层医疗卫生机构分别定价的路子。基层医疗机构要在政府几近全额补助的前提下，采用低收费政策；而医院的收费标准则要采用扣除财政补助外按成本收费的办法，并重点提高挂号费、诊疗费、护理费、住院费等纯劳务收费项目以及基层医疗卫生机构不能承担的医疗服务项目，以起到补偿医务人员劳务和分流患者的作用。