目前，钱江流域跨行政区保护有不少难题，一是人口压力加强了以行政区为单元的外部性问题；二是现行水资源供求运作机制与市场经济体制冲突；三是行政体制治水深陷重重困境；四是法律缺陷不断引发水权纷争，干扰流域整体利益。

    建议：

一、创新流域保护的制度，应从原有的单纯行政协调向市场调节。加强流域水资源市场建设。构建保护水资源的三种市场体系：一是野生鱼类生态养殖市场（千岛湖水净化模式）；二是工业水处理及污水与净水交易市场（富阳造纸园区水循环发展发想）；三是生态补偿的市场化运作。

二、建立科学的水价形成机制。水资源价格应由两部分构成：一是水资源的基准价格应该根据生态补偿和水资源再生产最大费用决定。二是在国家制定的基础上，根据流域社会经济发展的调控需要设置水资源费。三是利用价格杠杆调节供水。

三、把流域保护的监管纳入市场范畴。第一，确立污水处理净化产业和主体，明确污水处理净化产业，通过市场化方式，使污水排放的行政监督让位于污水交易。第二，通过产权置换，重新整合不同的净水主题，以优化减污工艺，降低净化和监管成本。第三，监管公司竞争上岗，跨行政区实施监管，用市场机制不畅行政管理缺陷。

四、流域保护跨行政区的市场化运作，要求跨流域的横向管理。管理机构包括权利机构和执行机构。只能主要涉及：水资源市场种类与范围界定，市场格局调整，市场主体准入方式，市场运作机制，水资源价格定价机制，生态补偿与实现方式，市场化运作监管等。