综观多年以来对各种类型建设单位及建设项目的竣工财务决算审计，真正能完全按《基本建设财务管理规定》，做好账务设置、会计记录、项目核算、报表申报的单位较少，这一方面是会计管理部门着重于日常财务管理制度的执行和检查，没有重视对从事基本建设项目会计核算的会计人员进行必要的业务培训和辅导。另一方面是《基本建设财务管理规定》和《国有建设单位会计制度》中的某些定义和条款，存在滞后与含混不清的问题，从而造成部分建设单位会计人员及内审人员的误解，连有些会计主管部门及注册会计师也不辩其本义。

《基本建设财务管理规定》2002年9月27日颁布，颁布30天后施行，至今已经过了8年半，与之相对应的《国有建设单位会计制度》更是于1995年11月4日颁布，1996年1月1日实施，距今已经16年半了，期间投资体制、财税体制和财务制度都不断发生变化，工程的内容及范围也有了很大的不同。因此基本建设的财务管理规定和会计制度的都应与时俱进，进行必要的修订和完善，并制定出具体的实施细则。

例如《基本建设财务管理规定》第十七条：“建筑安装工程投资支出是指建设单位按项目概算内容发生的建筑工程和安装工程的实际成本，其中不包括被安装设备本身的价值以及按照合同规定支付给施工企业的预付备料款和预付工程款。”其中“不包括被安装设备本身的价值”如果从字面理解，似乎工程中包含的各种设备的价值也不应该计入建筑安装工程投资。《国有建设单位会计制度》的会计科目使用说明中也使用了相同的说法：“本科目核算建设单位发生的构成基本建设实际支出的建筑工程和安装工程的实际成本。不包括被安装设备本身的价值及按照合同规定付给施工企业的预付备料款和预付工程款。”但在具体明细说明中又以列举法表示：建筑工程“包括列入房屋工程预算内的暖气、卫生、通风、照明、煤气、消防等设备的价值及其装设油饰工程，列入建筑工程预算内的各种管道(如蒸气、压缩空气、石油、给水及排水等管道)、电力、电讯、电缆导线的敷设工程。”其实“不包括被安装设备本身的价值”应该理解为已列入“设备投资”科目的生产和管理设备，而不是建筑工程预算内的各项设备。此说法的含义不清造成了不少会计及审计人员的歧见。

同样，安装工程中以工程承包形式实施的设备购建项目也会包含各种设备的价值，如管道安装、输液系统、通讯系统、弱电工程等都会包括相关的设备，这些设备在安装工程竣工前是无法单列它们的数量与价值，也无法计入“设备投资”科目，只有在竣工后经造价审核和竣工财务决算审计（包括各种材料与费用的集合与分配）后才能结转交付使用资产。这些说法即使在《国有建设单位会计制度》的说明中也没有交代清楚，造成了不少会计及审计人员的歧见。

“建筑安装工程投资”反映的建设期各项工程的支出，它必然会发生包含在建筑工程和安装工程承包合同中的各种设备，包括需经过装配、装置才能形成的设备。“设备投资”反映的是企业自行采购的各种（主要是生产和管理）设备及工、器具，如果是需安装设备，其发生的安装工程费用计入建筑安装工程投资中，等竣工决算时才与相关设备相归集后结转交付使用资产。因此不能简单地认为建筑安装工程中就不包括被安装设备本身的价值，其最根本的区别在于这些设备是包含在工程合同中还是建设单位单独采购的，因为工程项目在实施过程中是按进度（而不是单项设备）与建设单位进行结算的，工程中的设备在工程结算和造价审计前是不可能确定设备的数量及其价值的，工程所形成的各项资产价值只有在竣工财务决算中对成本与费用进行归集与分配后才能确定，而竣工后的会计工作是将它们按既定的成本转出到交付使用资产中去，并结转各种性质的资产。

再如待摊投资中所列举的各项费用支出，在实际建设过程中已发生了部分增减情况，例如需要增加的费用有：白蚁防治费、新型建筑材料使用费、建设期工地专职保安费用、处理施工现场周边村民纠纷的费用和工程保险费等，减少的则有《国有建设单位会计制度》中列举的投资方向调节税等。

《基本建设财务管理规定》第三十五条至四十三条，是对建设单位在项目竣工时应编制基本建设项目竣工财务决算的规定，但鉴于建设单位的会计力量和水平，难以达到相关规定的编制要求，建议财政部参照企业会计年度报表委托中介审计机构进行审计的做法，将基本建设竣工财务决算审计列入建设项目必备事项。这既有利于建设单位编制竣工财务决算的准确性，也大大方便了各级财政部门的审批及投资人对投资总额和形成的资产的可信度。现实中各级财政部门及投资人已经在委托中介审计机构从事部分项目的审计，但从制度上对此进行规范将更具有其法规的依据。