1、各级政府必须把保护和修复海域生态环境摆上重要议事日程，提高认识，统一思想，以控制入海污染物、海洋环境综合治理与生态修复工作为重点，制定保护和修复工程的具体实施计划，并将其纳入政府目标责任制，切实提高环保执法力度。

2、建议尽快成立区域生态环境保护协调专门委员会，如“长三角”、“黄三角”、“渤海湾”的区域生态环境协调专门委员会，其性质为中央派驻机构，其责任是制定统一规划，协调统一措施，建立诸如长三角海域环境保护和修复工程会晤协商制度，高层次专家咨询评估制度，及时协商沟通环境保护和修复的重大事项，形成统一的治污体制。

3、为了克服地方保护主义，建议在诸如长三角地区各入海口设立出境水质量保证体系，在流域通过的不同行政区划交接点设立24小时自动监测站，实行水质全程监控，使流域内各级政府对本辖区内入海水质切实承担责任，确保不把水质污染向其他地区和海域转移。

4、陆海联动，强化对污染源的控制。据对国家海洋局第二研究所了解，近海污染70%来自陆地。海域环境保护不能就海洋谈海洋，而应从陆海联动的角度，彻底控制污染源。在进一步推进污水处理厂建设、加大内陆污水处理能力的同时，应开展海域自净能力和环境容量研究，科学、准确地弄清在不引起环境污染的情况下，污染物的排放总量和排放浓度，为沿岸工厂企业和城市市政制定污水排放标准提供依据。同时，应在重要排污口设点进行长期监测，进一步完善入海河流和直排海域污染源的监测与评价体系，确保污染物的浓度不超过排放标准，有效减少内陆污染物向海域排放。