出现该现象的原因主要包括：

一是大企业多处于煤水电、“铁公基”等垄断行业，利润相对丰厚，而中小企业多处于竞争性领域，利润较为微薄。同样的税费占各自利润的比例，大企业要明显低于中小企业。“再加上我国税制结构不合理，增值税、营业税等流转税占税收比重超过60%。流转税不像所得税，由于对企业所得征税，能做到‘挣的少交的也少’，流转税对商品、劳务的销售额和营业收入征税，往往是‘挣的少交的不少’，这样一来，会导致中小企业与大企业相比，利润少，交税却不少，进一步加剧了其税负。”

二是不少中小企业没有建立完备的账册体系，税务部门难以对其实行查账征收，往往实行核定征收，将实际销售收入按预先核定的应税所得率计算缴纳所得税，如果连销售收入都搞不清楚，就干脆采用直接核定所得税额的定额征收方式，

三是中小企业的遵从成本与利润之比要高于大企业。

为此，建议：

一是应当完善税制结构，坚决取消不合理收费。发达国家税收以所得税为主体，2007年美国个人所得税、企业所得税、社会保障税占税收比重高达72.5%。增加所得税等直接税比重，有利于改变我国中小企业‘挣的少交的不少’的现状。当中小企业经营困难时，应及时下调其核定税率或定额。

二是改善中小企业经营环境，降低遵从成本。政府有关部门应减少对中小企业的行政干预，避免增加其隐性负担。

三是制定合理的税费优惠政策，真正惠及最大多数的中小企业。