然而，现行的增值税征收办法在很大程度上加重了农产品加工业的负担，不利于整个农产品加工行业的发展壮大。目前，我国的农产品深加工企业主要原材料的购进普遍按13%的扣除率进行进项税抵扣，但在销售产品时则按17%的增值税率征收销项税，“高征低扣”使农产品加工企业多承受了4个百分点的增值税税负，而普通工业企业是征17%抵扣17%。农产品加工企业的平均税收负担在7%-8%之间，远远大于一般企业2%-3%的平均税负。农产品深加工产业是劳动密集型行业，增值税实际负担偏高，一是企业利润下降，使企业的竞争力大大削弱，不利于整个农产品加工行业的发展壮大；二是加工企业把部分税负负担转嫁给消费者，造成食品价格上涨。

我们对几家有代表性的规模农产品加工企业税负情况进行调查，其中：一家是以豆制品生产为主的农产品加工企业，2011年实现年销售收入44272万元，上交税收3698万元，税负率高达8.35%，年利润为4317万元；一家是以肉制品为主的农产品加工企业，2011年实现年销售收入22584万元，上交税收1298万元，税负率达5.75%，年利润仅为223万元；一家是以坚果炒货为主的农产品加工企业，2011年实现年销售收入25259.5万元，上交税收2016.4万元，税负率高达7.98%，年利润为2148.4万元。从以上企业调查结果看，食用农产品加工企业税负过高已对企业正常经营和生产发展造成较大影响，抵扣税率应及时加以调整。

由于我国耕地采用分田到户，承包经营的形式，农业规模相对较小，农产品加工企业交易的对象往往是广大分散的农民，想开出很规范的增值税发票非常困难，进项较少或不能抵扣，为此，针对农产品深加工企业税负过重问题，提出以下建议：

一、按照增值税的计税原理是征多少扣多少，未征税则不扣税。调整农产品深加工企业的增值税税率，实行征抵一致，解决进销项“倒挂”现象，统一采用13%的税率。

二、取消农产品收购发票（普通发票）的抵扣功能，对以农产品为主要原材料的加工企业实行一般企业平均税率政策，为鼓励农产品加工行业发展壮大，建议采用2%的销项税。鉴于农产品加工企业自行开具农产品收购发票和取得的普通发票在抵扣进项税时的诸多弊端，从便于税务机关加强税源监管，纳税企业更好操作的角度出发，取消其扣税功能，仅作为一般的财务核算凭证使用。