1、新方案打击了基层卫生机构医务人员的积极性。由于新方案有“平均主义”，“大锅饭”嫌疑，对基层一些“名医”的积极性影响较大。以前是“抢病人”，现在是“推病人”，造成了目前上级医院病人骤增，不堪重负。

2、减弱了基层卫生机构医务人员的应急能力。由于医疗是一门实践科学，需要平常工作中不断实践总结才能提高水平，同时医疗行为也是一种高风险行为，目前制度下，一些基层医务人员不愿承担风险，把一些原可以在基层处理的病人往上级医院转送，长此以往，基层医务人员的应急能力会下降，遇到大型突发事件，会失去宝贵的“黄金十分钟”抢救时间。

3、基层医疗资源浪费。基层卫生服务人员把病人转送以后，造成了上级医院病房“一床难求”，而基层医院原有病房却大量闲置，浪费了国家资源，加大了运行成本。

4、基层医院药品相对缺乏。由于国家招标用药兼顾了贫困落后地区，而对经济发达地区来讲，显然品种不足，目前情况下，造成了大量患者在上级医院看病后，回到当地却配不到药的情况发生。

5、一刀切的处方限额给慢性病患者带来了不便。为了限制大处方，乱用药，实行了“限方”处理，但一刀切的做法，使得一些需长期用药的慢性病患者，需要更加频繁的往返医院配药，给患者带来了不便，也使就医更加人满为患。

6、大量医务人员的工资问题，医院设备更新困扰当地政府。在目前国家医疗投入相对不足情况下，新方案给当地政府带来了较重的经济负担，也使得医疗设备的更新换代相对困难。

医疗问题是个世界性的难题，原来我们引入了保险制度，来平衡弱势的患者与强势的医疗机构和药厂之间的关系，通过保险机构医务人员的处方审核，确定报销药品的种类，也已经收到了较好的效果。目前在基层实行的收支两条线改革，也带来许多新的问题，建议政府在向县市级医院推广收支两条线改革时，能够对基层的改革作一个回顾性的调研，扬长补短，减少矛盾发生。